Etudiante le jour, Sydney Bristow est aussi une jeune espionne qui croit travailler pour une branche secrète de la CIA, le SD6. Mais quand Daniel, son fiancé, est assassiné après qu'elle lui ait avoué ses véritables activités, Sydney réalise que le SD6 oeuvre en fait contre les intérêts américains. Elle offre alors ses services à la vraie CIA, devenant par la même, 'agent double', tout comme son père...