Aaron Cross ist einer von sechs Superagenten des streng geheimen Regierungsprogramms Outcome. Als durch Jason Bourne das CIA-Programm Treadstone öffentlich gemacht wird, droht auch Outcome die Enttarnung durch die aufmerksam gewordenen Medien. In dieser Situation entscheidet sich Byer, Initiator dieser und anderer Programme, alle Agenten und Mitarbeiter von Outcome auszulöschen. Damit beginnt auch die Treibjagd auf Cross und eine Wissenschaftlerin, die beide auf atemloser Flucht bis nach Manila führt.