Während einer besonderen Revolution wurde der mächtige Satanael bezwungen, doch die Dämonen dominieren immer noch in ihrem kontinuierlichen Krieg gegen die Engel. Um das Überleben zu sichern, suchten Bewohner von Celestia nach einem Weg, durch einen Guerillakrieg einen Rückangriff zu starten. Sie fokussierten sich dabei auf Untersuchungen, einen Gott als ultimative Waffen zu erschaffen und diese gegen die teuflischen Bestien einzusetzen.
Sie kreierten den Fate Awakening … mehrCrystal um mit diesem Gegenstand einen Menschen in einen Gott zu verwandeln. Nun müssen die Engel eine Person finden, die mit dieser Maschine kompatibel ist. Eines Tages, in der Welt der Menschen, wird ein Junge von Dämonen auf seinem Heimweg von der Schule angegriffen. Bei dieser Attacke wird sein Herz durchbohrt, doch in den Augenblicken seines sicheren Todes wird er von einem mysteriösen Mädchen gerettet und wacht später an einem unbekannten Ort (Celestia) auf.
Ihm wird der Fate Awakening Crystal in die Brust eingepflanzt und kurz danach befindet der Junge sich schon inmitten eines Krieges, der zwischen den Dämonen und den Engeln herrscht. Mit seinen neuen Kräften ausgestattet, muss er einen Weg finden, diese sinnvoll einzusetzen. Und seine finale Entscheidung gilt den beiden Damen, die ihn auf seiner Reise begleiten, denn nur eine von ihnen darf leben.
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